Debido al carácter interinstitucional del programa educativo, las líneas de generación y aplicación del conocimiento son:
HISTORIA Y PODER
Se desarrolla en los Cuerpos Académicos (CA´s) Patrimonio Socio-cultural, UNICACH, y Estudios Mesoamericanos, UNACH. Está dedicada al estudio de los procesos sociales, económicos y políticos que se desarrollaron en México y Centroamérica desde la antigüedad hasta la fecha.
PATRIMONIO SOCIO-CULTURAL
Se desarrolla en los CA´s Patrimonio Socio-cultural, UNICACH, y Estudios Mesoamericanos, UNACH. Está orientada al análisis de las diversas manifestaciones del patrimonio cultural indígena de México y Centroamérica desde la antigüedad hasta nuestros días.
HISTORIA Y LITERATURA
Se desarrolla en el CA Estudios Literarios y Sociales, UNACH. En esta línea se analizan las fuentes históricas en las que se han basado novelistas y narradores para el desarrollo de sus obras; asimismo, se observa un periodo histórico determinado.